Horacio, no veo tan descabellada tu primera pregunta.
En la masterizacion si se aplican efectos (al archivo stereo final, ya mezclado).
De hecho la masterizacion de un tema es, entre otras cosas, aplicarle la compresion/expansion necesaria para que salga para afuera como escupida.
Se puede colorear un poco con ecualizacion. Y usar un limitador para que nada pase mas alla del bien y del mal...
Otro de los procesos es cortar principios y finales (edicion), aplicar fundidos (fade in/out) esas cosas.
Ahora cuando se trata de masterizar un album o grupo de canciones, se hace lo mismo, con un agregado (esto es lo que preguntas despues):
Empatar, significa Normalizar o Equilibrar entre si el volumen de TODOS los temas, para que cuando estes escuchando y pasa de un tema a otro, no pegues un salto por el cambio o dejes de escuchar porque esta muy bajo. Se entiende?
Nada muy complicado, no te preocupes. Tampoco es una ciencia, jaja. Despues de todo, hasta el Nero te normaliza los archivos de audio que grabas en un cd...:P