Luego de ese álbum, comienza a componer su música en computadoras y abraza un sonido mas arraigado en el Drum n Bass con un particular apego por la nostalgia de la niñez, que esta presente en muchisimos de sus tracks. En el 96 edita el bellisimo Richard D. James album, una obra maestra del genero, donde el tema de la niñez es recurrente y abraca un espectro de sonidos que van desde lo dulce y lo angelical hasta lo aterrador, en la mayoria de los casos, con percusiones rapidisimas que darian forma al genero Drill n Bass.
A fines de la decada, los EP?s Come to Daddy y Windowlicker, muestran lo popular que se habia vuelto el sonido de Aphex Twin, con sus videos en rotacion permanente en cadenas como MTV y VH1
En el 2001, edita su album mas personal, Druqks, con piezas que cuentan con pianos preparados como lo hacia John Cage, y otras con una muy meticulosa composición, hecha en Computadoras. Es un album doble y abrasivo que, aunque tambien excelente, no cuenta con la novedad que tenian los otros albumes de el.
Para el 2004, los rumores de que volvia a un sonido mas Acid y Techno se hicieron realidad, bajo el pseudonimo AFX nuevamente, con la serie de EP?s Analord.. y el que recoge lo mejor de esta serie de EP?s: Cosen Lords? Aquí, vuelve al sonido analogo usando sintes y maquinas viejas que el poseia hace muchos años ( Richard es un fanatico coleccionista de tecnología, sintetizadores, etc).
Algunos de los equipos que uso para este, su ultimo album hasta la fecha, fueron el Synton Fénix, la famosa Roland TB-303 ( famosa por ser la voz del sonido Acid) y el secuencia Roland MC-4.