es un error universal, no me acuerdo cuantas milesimas de segundos te agrega, pero a los que están apretados por tiempos publicitarios los mata.
En su momento tambien probé encoders y demás, desde nuendo, sound forge, wavelab...
el mejor consejo es.. traten de no ser ratas y laburen con wavs, un cd está $ 0,67 y un dvd algo de $ 2,00, terminás de laburar y hacés el backup, para los qe están forzados en tiempo y necesitan el mp3 para enviar via inet, nuendo, time strech, y ajustale un poquito, nadie se va a dar cuenta jojo. en flash, podés editarlo..

yo qe sé, es una cagada eso. en su momento me volví loco.