Bueno, yo no soy un experto ni mucho menos, pero te diré lo que pienso.

Supongo que tienes toda la batería en una sola pista. En ese caso la cosa está mal. En caso de que se oiga mal, si es un ruido lo que suena debes eliminarlo con algun programa eliminador de ruidos. Yo sé que tengo uno por ahi, creo que se llama IDR de la casa Waves (lo siento pero no recuerdo mas, espero que los datos sean los correctos). Otra posibilidad es eliminarlo con un ecualizador, pero eso solo te será útil si la frecuencia del ruido no está compartida con otros sonidos de la batería, lo cual es bastante difícil. (En el primer caso ocurre algo parecido)

En caso de que simplemente no se oiga nada, o lo tengas en diferentes pistas (esto es complicado porque siempre se mezclan los sonidos que entran por los diferentes micros), la cosa es más fácil. Simplemente tendrás que programar el snare que quieras, por supuesto en función de la batería que has grabado (tempo, etc.) Esto lo puedes hacer en el cubase, o tb en el reason lincado con el cubase (yo lo hago asi porque me aclaro más)
Aunque, si he entendido bien, tienes otro wav con el snare bien grabado. En ese caso tendrás que hacer lo que te he dicho arriba y si están bien sincronizados solo tendrás que colocar la grabación del snare el el lugar correcto.

Que conste que aunque tengo mucho rollo soy un novato ;)
Si necesitas algo más por aqui andamos. Saludos