Volviendo a la progresión que preguntaban:
(y sin dejar de señalar que estoy de acuerdo en que la improvisación gana muchíiiiiiisimo cuando es en forma espontánea).

Em9 / Fmaj7 / Em9 / Dm7

1º) Hay un "problema" armónico INELUDIBLE, y es la 9º del Em.-
PARA ALGO ESTÁ, y precisamente, para bien o para mal, eso indica que el compositor quiso "jugar" con la disonancia del F# que al compás siguiente pasa a ser natural.-

Si a mí me das a elegir, creo que al toque, y sin pensarlo, me saldría:

1. eólico / 2. lidio / 3. dórico / 4. dórico

¿Porqué? Ahora tratando de explicar o razonar lo que saldría improvisando "de adentro", podría decir que:

1. El eólico en el primer compás, (única alteración el F#) es lo que pide la armonía. Si bien podría ser dórico (alteraciones F# y D#), ello chocaría aún más con el acorde siguiente.

2. lidio (es decir con la cuarta aumentada, por eso en lugar del Bb, el B natural). Se logra crear una tensión armónica, que desemboca mejor en el 3º acorde, por ser el B la 5º del que sigue.

3. dórico: Aquí sí, a diferencia del 1º compás, se crea todavía más tensión armónica por la presenciá del C#

4. dórico. Casi "obligado" después de tanta inestabilidad armónica.

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Aclarado esto, hay una forma más "facil" de pensarlo.
Como armonías en paralelo.

En los compases 1º y 3º como de gran tensión con las alteración del F# (la 9º) - y opcionalmente el C#

En los compases 2º y 4º sin alteraciones (las notas de C major)

Incluso no estaría mal resaltar esto en los pasajes de un acode a otro, pivoteando sobre la alteración en el último tiempo debil, por ej, si improvisaras en negras, y "exagerando violentamente" el concepto:

MI-RE-MI-FA# / FA-LA-RE-DO / DO#-SI-FA#-MI / FA-.......

Obviamente, esta línea de impro sería una bosta, pero lo puse para que se vea la idea de la nota "target", rodeada previamente de la/s alteracione/s

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Para terminar, acaso por tocar un instrumento de viento, soy de la idea que al improvisar no hay que "pensar tanto".

De hecho, las escalas que puse son las que me saldrían "de primera". Acaso si lo analizara, elegiria otras.

Pero lo espontáneo, garpa doble.

Saludos, y espero que te sirva, por lo menos para darte alguna que otra idea.