si, está claro esto último que explicas, que graba en dos canales idénticos.
bien, vas descartando cosas,

se me ocurre que pruebes lo siguiente:

desenchufes el teclado de la pc,

y balancees un hi-hat para que suene en el parlante izquierdo y una chancha (Tom4) por ej. hacia la derecha.
una vez que lo escuches asi fuera de la compu, despues conectas a la pc y grabas una nota de cada uno.
a ver cual de los dos queda grabado y suena, y cual no. o si graba los dos en ambos canales. para ir descartando cosas. que te parece? son pruebas primitivas o muy basicas , es lo único que se me ocurre ahora mismo