La diferencia mas grande que encontre yo es que en el nuendo vos podes hacer mezcla de tipo 5.1, dolby pro logic y esas cosas que estan mas orientado para produccion audiovisual... (te lo explico a lo criollo)
Una vez un ing en mastering de rosario (Grabriel Data) me habia contado que nuendo lo inventaron mas que nada para probar como funcionaba el mercado de los secuenciadores, ya que el nombre cubase tenia mucho prestigio en el mundo de la musica, no podian sacar un producto y que este sea malo ya que se "quemaba" la marca, es por eso que salio nuendo, en nuendo probavan todo lo que podia a llegar a salir en las proximas versiones de cubase, si estas reformas daban resultados tiraban una version nueva de cubase...
NO se si es verdad o mentira este mito, pero que se yo la idea esta buena :P
Cambiando de tema, hoy en día una placa m audio ya viene con una copia del cubase sl (la version reducida) yo pienso que mas de eso es al pedo, yo hasta hace unos años laburaba con una copia (Legal) del cubase vst 32 y andaba 10 puntos...

Saludos