Me parece que es mejor que le hagas caso a emi.
Si bien es cierto que se pueden cancelar y todo eso, no es necesario que te pongas a ver las formas de onda y eso....o sea, si se tienden a cancelar te vasa dar cuenta que cuando le agreges otra capa de bajo porque como que vas a sentir que bajan los grabes....no es necesario verlo, lo escuchas claramente. Trata de usar una sola fuente de sonido de bajo, asi evitas cancelaciones de fase con otras fuentes.

Lo de filtrar ( no se si le entendiste a ellaeseterea porque estaba medio entreverado) esta bueno si sabes que tus monitores (parlantes o auriculares) no alcanzan a reproducir bien las bajas frecuancias (de 100 Hz para abajo), asi estas seguro de que abajo de lo que filtraste no hay nada que este armando despelote y que no lo puedas escuchar a causa de tu monitorización.

Ojo con los kicks tipo 808 que por lo general estan sampleados con mucho decaimiento y te pueden traer problemas cuando se mezclan con los bajos.

No se lo que es el reggeton, sino te podria tirar algun dato mas.
Tampoco se que version del fruity tenes, ni que vsti's tenes instalados como para ver que sonidos podes generar.

Saludos