Primero lo más importante: no tenes por qué perder tu trabajo. Tenes que borrar todo lo referente a la parte operativa del programa. Si tenes arreglos en formato nativo, lo guardas pasandola a alguna carpeta y listo.

Nunca usé ni tengo idea si en Nuendo podes crear y guardar presets, pero si buscas donde los guarda, los copias y después los volvés a poner.

El problema que planteas no es específico de esa aplicacion, digamos que son problemas genéricos y te pueden ocurrir anomalías en un juego, utilitarios y en el propio sistema operativo.

Si es un programa "de dudosa procedencia" es más suceptible a generar errores pues un crack no es probado en diferentes entornos de software y hardware, como lo son los programas 100% originales, con los cuales también pasa, aunque en menor medida.

Los errores pueden ser causados por diferentes motivos, y pueden ser tanto errores del usuario, fallas del entorno de software (a veces un proceso en segundo plano no se lleva bien con una aplicacion determinada por x motivo) y, finalmente, hay problemas de hardware, muy comunes y variados y algunos casos exóticos.

El echo es que sea cual fuere el causante de la anomalía, esta puede traducirse en errores de registro, corrupción o perdida de algún archivo o errores de vinculos cruzados.

Prestá especial atención al mantenimiento del disco rígido ejecutando scandisk cada dos dias en forma "normal", desfragmentando cada 15 o 20 dias y analizando en forma exaustiva cada mes (tambien con el scandisk)

Por otra parte, acordate que microsoft hace S.O's que a veces se vuelven "exquisitos" y no le podes instalar sino lo que a ellos se les bienen en gana...